지난 1978년부터 장성 양유교회를 시작으로 장흥, 신안, 나주 등지에서 40여 년간 농촌목회 활동을 해왔다. 80년 5.18 광주민중항쟁에 참여했다. 그 뒤 5.18 민중항쟁을 널리 알리고자 힘썼으며 그 공로를 인정받아 2016년 제10회 오월 어머니상을 수상했다. 

 

예장 통합 전남노회 인권위원장을 비롯해 예장농촌목회자협의회 회장, 광주전남 목회자정의평화실천협의회장, 광주기독교협회회장(광주NCC)을 역임했다.

 

1995년에는 범민련(조국통일범민족연합) 실행위원으로 활동하며 통일운동을 하다가 '범민련남측본부 29인 사건'으로 6개월간 구속되었다. 1997년에는 류재을 열사(조선대, 시위 도중 심장마비 사망) 장례 관련 한총련 시위를 도왔다는 이유로 구속돼(집시법 위반) 세 번째 옥고를 치렀다.

 

김병균 목사는 일흔 넘은 지난 2018년 갈릴리신학대학원에서 ‘민중신학, 마르크시즘, 주체사상과의 대화’로 박사학위를 받았다. 김 목사는 최근까지도 매주 서울에 오가며 촛불집회에 참여했다. 

 

그러던 중 급성 폐렴에 걸려 입원 치료받았고, 퇴원한 뒤에도 곧바로 나주의 독립운동가 추모식에 참석해 밤늦게까지 같이 하는 등 활동을 쉬지 않았다. 그 뒤 면역력 약화로 독감을 얻어 투병하다가 30일 밤 자정 무렵 별세했다. 김 목사는 투병하기 바로 전까지 나주투데이 고정 필진으로 활동했다.