한편 나주고는 거점고 이외에 기숙형·자율형 공립고로 선정되어 운영되고 있다. 자율고란 학교 이념에 따라 다양하고 특화된 프로그램을 제공할 수 있도록 교육과정이나 학사운영 등을 자율적으로 운영하는 새로운 형태의 학교를 말한다.

이들 자율고는 최근에는 자율형사립고, 자율형공립고, 기숙형고교로 새롭게 통합 설정되고 있다. 자율형사립고는 모집시기가 전기로서 외고나 국제고 등 특목고들과 동일한 시기에 학생을 선발한다. 따라서 특목고들과 중복지원이 불가능 하다. 시도교육청 관할 하에 공립으로 운영되는 자율형공립고는 모집시기가 후기이다. 때문에 전기고등학교인 특목고나 자율형사립고에 먼저 지원한 후 자율형공립고에도 추가로 지원할 수 있다. 단, 전기고 합격시 자율형공립고에는 지원이 불가능하다.

더불어 자율형사립고는 정부로부터 재정결함 보조금을 받지 못하다보니 수업료가 일반고등학교에 비해서 2~3배 정도 비싸다. 자율형공립고는 재정결함 보조금 뿐 아니라 추가 재정지원을 받아 일반고등학교와 동일한 수업료로 운영되는 특징을 가진다.

교육과정의 자율성도 차이가 난다. 자율형사립고는 공통교육과정 중 50%만 이수하고 나머지 교육과정은 학교에서 자율적으로 구성할 수 있는 현존하는 국내 고교 유형 중 가장 많은 자율권을 가지고 있다. 그러나 자율형공립고는 35%의 자율권만 인정된다.

기숙형고교는 고교다양화프로젝트의 일환으로 농산어촌 등 교육여건이 열악한 지역에 150개 학교를 지정해 운영하는 제도이다. 농산어촌 등 교육낙후지역의 학교에 기숙사 시설을 지원하여 교육여건 개선, 학교특성을 고려한 다양한 프로그램을 지원한다.